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ECサイトの決済方法の選び方|手数料と導入の比較

最終更新日:2026年8月3日 ZenWeb Japan 編集部
結論: ECサイト 決済方法は「たくさん並べる」ほど良いわけではありません。クレジットカードを軸に、お客さまの層に合わせて2つほど足すのが、費用と手間のバランスが取れます。手数料は料率だけでなく、件数手数料・月額・入金サイクルまで含めて比べてください。

01はじめに|決済は「増やす」より「選ぶ」が先です

要点: 決済手段は増やすほど機会損失が減りますが、そのぶん手数料と運用の手間も増えます。全部入れるのではなく、自分の店に来るお客さまが実際に使う手段だけを選ぶ。これが費用対効果のいちばん高いやり方です。

「決済って、とりあえず全部入れたほうがいいですよね?」。ネットショップ構築のご相談で、かなりの確率でいただく質問です。

気持ちは分かります。使いたい支払い方法がないと、お客さまは帰ってしまいますから。ただ、決済は増やすほど月額費用と件数手数料、入金管理の手間が積み上がります。使われない決済を抱えたまま払い続けている店は、実際とても多いのです。

この記事では、2000年創業のWeb制作・システム開発会社であるZenWeb Japanが使っている決め方をご紹介します。公的統計と公開されている公式料金を並べ、月商別の年間手数料まで落とし込みます。サイトの作り方はECサイト制作のサービスページ、始め方はネットショップ開設の方法の記事でご案内しています。

この章のポイント: 決済は足し算ではなく引き算で考えてください。使われない手段を持ち続けるコストは、目に見えにくいぶん厄介です。

全体像は動画でもつかめます。先に一度ご覧いただくと、このあとの手数料の話が入りやすくなります。

【PayPay?クレカ?】ECサイトが導入するべき決済手段は?特徴や選び方

出典動画:「【PayPay?クレカ?】ECサイトが導入するべき決済手段は?特徴や選び方」(YouTube)


02ECサイト 決済方法の全体像|8種類を役割で整理する

要点: ネットショップで使われる支払い方法は、おおむね8種類です。ただし役割は同じではありません。売上の柱になるもの、取りこぼしを拾うもの、特定の層だけに効くもの。この3つに分けて考えると、入れる・入れないの線が引きやすくなります。

まず全体を並べます。カート側でどこまで選べるかはECサイトに必要な機能一覧の記事でも触れています。

  • クレジットカード決済。 売上の柱です。これがないネットショップは、事実上戦えません。
  • コード決済(PayPay・楽天ペイなど)。 スマホで買う層を拾います。いちばん伸びている枠です。
  • ID決済(Amazon Payなど)。 住所や氏名の入力を省けるので、初回購入のハードルが下がります。
  • コンビニ決済。 カードを持たない層を拾います。前払いなら未回収の心配がありません。
  • 後払い決済。 受け取ってから支払う方式です。初めての店で買う不安を消します。
  • キャリア決済。 スマホ料金と合算する方式です。若い層とデジタル商材で効きます。
  • 銀行振込。 手数料は安い一方、入金確認と発送が遅れます。法人向けの高額品向けです。
  • 代金引換。 受け取り時に払う方式です。再配達と受取拒否のリスクが残ります。

最初から全部そろえる必要はありません。多くの店ではカード+コード決済+もう1つで回ります。その「もう1つ」を何にするかが要点です。

この章のポイント: 8種類を「柱・取りこぼし拾い・特定層向け」の3グループに分けて考えると、迷いが減ります。柱は1つで足ります。

どの決済を載せるか、設計段階で決めておきませんか。

カートの選定と決済の組み合わせは、あとから変えると余計な費用がかかります。 ECサイト制作の進め方を見る →


03データで見る|キャッシュレスの内訳から優先順位を決める

要点: 国内のキャッシュレス決済額のうち、8割強がクレジットカードです。コード決済が約1割で続きます。この比率がそのまま、ECサイト 決済方法の優先順位になります。まずカード、次にコード決済。ここは迷う必要がありません。

経済産業省は毎年、国内のキャッシュレス決済比率を公表しています。2024年のキャッシュレス決済比率は42.8%で、政府目標の4割を達成しました。内訳が下の表です。決済手段を選ぶ土台になる数字なので、最初に見ておいてください。

キャッシュレス決済額の内訳(2024年)
2024年の国内キャッシュレス決済額を手段別に並べ、EC導入時の位置づけを示した表
決済手段 決済額 構成比 ECでの位置づけ
クレジットカード 116.9兆円 82.9% 必須。売上の柱になる
コード決済 13.5兆円 9.6% 優先度が高い2番手
電子マネー 6.2兆円 4.4% 実店舗中心。ECでは後回しでよい
デビットカード 4.4兆円 3.1% カード決済に含めて扱える

出典:経済産業省「2024年のキャッシュレス決済比率を算出しました」(2025年3月31日公表)。構成比は同資料の値。

注意したいのが電子マネーの4.4%という数字の中身です。交通系ICは実店舗の少額決済が中心で、ECでの利用はごく一部。表の数字をそのままECに当てはめると判断を誤ります。

カードで8割、コード決済で1割。この2つを押さえるだけで、決済額ベースでは9割をカバーできます。
この章のポイント: クレジットカードとコード決済で決済額の9割をカバーできます。3つ目以降は、自分の店のお客さま像で決めてください。

04クレジットカード 手数料の相場と、料率が決まる仕組み

要点: ECのクレジットカード 手数料は、おおむね3%台に収まります。料率は業種のリスク、月間の取扱高、契約するプランの3つで動きます。「安いところを探す」より、「自分の条件でいくらになるか」を出すほうが早いです。

料率が公開されているサービスを見ると、水準の感覚がつかめます。たとえばShopifyペイメントの公式料金では、JCBおよび国内発行カードの手数料がベーシックで3.55%、グロースで3.4%、アドバンストで3.25%と、プランごとに段階が付いています。月額はそれぞれ3,650円、10,100円、44,000円です。

ここに料率だけを見比べると損をする理由があります。上位プランは料率が下がる代わり、月額が上がるからです。ベーシックとアドバンストの月額差は年間48万円ほど。料率差0.30%で取り返すには年商1億6,000万円が必要で、月商1,300万円あたりが分かれ目です。

料率が動く要因は、だいたい次の3つに整理できます。

  1. 業種のリスク。 返品や解約が起きやすい商材、無形サービス、定期購入は料率が上がります。
  2. 月間の取扱高。 積み上がると個別交渉で下げる余地が出ます。まずは実績を作るのが先です。
  3. 契約形態。 決済代行を通すか、カード会社と直接契約するか。後者は料率が下がる代わり、審査も管理も重くなります。

費用全体の中での位置づけは、ECサイト構築費用の内訳の記事と合わせてご覧ください。

この章のポイント: 料率と月額はセットで見てください。上位プランが得になるのは、月商1,300万円あたりを超えてからです。

05データで見る|月商別に見た決済手数料の年間負担額

要点: 料率3.4%で試算すると、月商100万円の店で年間約41万円、月商500万円で年間約204万円が決済手数料として出ていきます。パーセントで見ると小さく感じますが、金額に直すと人ひとり分の経費に届きます。

下の表は、月商ごとの年間決済手数料をZenWeb Japanが試算したものです。料率はShopifyペイメント公表値のグロースプラン3.4%、カード比率100%で計算しています。

月商別の年間決済手数料(料率3.4%で試算)
月商50万円から1,000万円までの各段階について、料率3.4%で年間の決済手数料を試算した表
月商 年間手数料 負担の大きさ
50万円 204,000円
100万円 408,000円
300万円 1,224,000円
500万円 2,040,000円
1,000万円 4,080,000円

出典:ZenWeb Japanによる試算(2026年)。料率はShopifyペイメント公表値のグロースプラン3.4%を使用。カード比率100%として算出。

表を見ると、月商300万円あたりから料率0.1%の差が実額で効いてくるのが分かります。0.1%で年間3万6,000円。決済代行を見直す時期です。

逆に月商50万円の段階で0.1%を削る交渉は、あまり得策ではありません。年間6,000円のために半日使うより、売れない原因の分析に回したほうが効きます。切り分け方はネットショップが売れない原因と改善方法の記事にまとめています。

この章のポイント: 手数料の見直しが実利になるのは月商300万円から。それ以前は売上を作るほうが先です。

06コンビニ決済 導入は今も必要か|残す理由と外す判断

要点: コンビニ決済 導入の判断は、お客さまの年齢層と商品単価で決まります。カードを持たない層や、初めての店にカード情報を入れたくない層が主な利用者です。前払いなら未回収がないぶん、後払いより安全に取りこぼしを拾えます。

コンビニ決済は「もう古い」と言われがちですが、今も使われています。カード情報を入力せずに買える手段が、まだ他に少ないからです。コード決済が役割を一部引き受けていますが、置き換わってはいません。

入れる価値が高いのは、次のような店です。

  • 10代から20代前半が主な客層。 カードを持たない、または限度額が小さい層です。
  • 60代以上が主な客層。 ネットにカード番号を入れる抵抗が根強く残っています。
  • 単価5,000円前後の商材。 支払いに出向く手間が許容される価格帯です。

逆に外しても影響が小さいのは、単価3万円超の商材や法人向けの受注が中心の店です。

費用面の特徴は、料率が2%台と低い一方、1件あたり130円から200円程度の件数手数料がかかることです。単価1,000円の商品なら、実質の負担率が15%を超えることもあります。

この章のポイント: コンビニ決済は料率ではなく件数手数料で判断してください。単価が低い商材ほど不利になります。

07後払い 決済を入れるべきか|未回収リスクを誰が持つか

要点: 後払い 決済を検討するときは、料率より先に「未回収を誰が負担するか」を確認してください。保証型なら代金は保証されます。非保証型は料率が安い代わりに、回収できなかったぶんは店の損失になります。

後払いの相談でいちばん見落とされる点です。同じ「後払い」でも、契約の中身は2つに分かれます。

項目 保証型 非保証型
未回収の負担 決済会社が負担 店が負担
料率の水準 高め 低め
与信審査 決済会社が実施。通らない注文が出る 店の判断に委ねられる部分が残る
向いている店 新規客が多く、単価が高い リピーター中心で、単価が低い

初めて後払いを入れるなら、保証型から始めるのが無難です。料率は1%前後高くなりますが、督促と貸倒れの手間を丸ごと外に出せます。

もう一点。与信審査に通らない注文が一定数出ることも、織り込んでおいてください。断られたお客さま向けの案内文をエラー画面に用意しておくと、離脱を減らせます。

この章のポイント: 後払いは料率ではなく保証の有無で選んでください。最初の1社は保証型が安全です。

決済まわりの設計だけ、先に相談することもできます。

既存サイトへの追加でも、新規構築でも、要件の整理からお手伝いしています。 ECの構築について問い合わせる →


08データで見る|オンライン決済と後払い決済の市場推移

要点: オンライン決済サービス市場は2024年度に40兆円を超え、2029年度には約65兆円まで伸びると予測されています。後払い決済も同じ勢いで拡大中です。決済の選択肢は、これからも増え続けると考えておいてください。

矢野経済研究所の調査では、2024年度のオンライン決済サービス市場は40兆円を超え、2029年度には約65兆円に達すると予測されています。後払い決済も2024年度に1兆7,000億円に迫り、2029年度には約2兆8,000億円まで伸びる見通しです。

オンライン決済・後払い決済の市場規模推移
2024年度から2029年度までのオンライン決済サービス市場と後払い決済サービス市場の規模推移をまとめた表
年度 オンライン決済 後払い決済 区分
2024年度 40.0兆円 1.70兆円 公表値
2025年度 44.1兆円 1.88兆円 試算による補間値
2026年度 48.6兆円 2.08兆円 試算による補間値
2027年度 53.6兆円 2.29兆円 試算による補間値
2028年度 59.0兆円 2.53兆円 試算による補間値
2029年度 65.0兆円 2.80兆円 公表予測値

出典:矢野経済研究所「オンライン決済サービス市場に関する調査(2026年)」の公表値をもとにZenWeb Japanが作成。2024年度と2029年度は同社公表値、間の年度は年平均成長率から補間した試算値。

この伸びが実務で意味するのは、決済の選定が一度きりではなく、2〜3年ごとの見直しになるということです。5年前の組み合わせが今も最適という店は、まずありません。まず2〜3種類で始め、注文データを見ながら足していくのが無駄がありません。

この章のポイント: 市場は5年で約1.6倍に伸びる見通しです。決済の構成は固定せず、2〜3年ごとに見直す前提で組んでください。

09決済代行 比較|見るべき6項目と、見なくていい項目

要点: 決済代行 比較で本当に効果的なのは、料率・件数手数料・月額・入金サイクル・カート連携・不正対策の6つです。対応決済数の多さや管理画面の見た目は、判断の決め手にはなりません。

比較サイトでは対応決済数の多さが前面に出がちですが、使わない決済が20種類あっても意味はありません。見るべきは次の6項目です。

  1. 料率。 自分の業種と想定取扱高でいくらになるか。表示の最低料率は多くの場合、条件付きです。
  2. 件数手数料。 1件あたり数十円から200円程度。単価の低い商材ほど効いてきます。
  3. 初期費用と月額費用。 初期0円でも、月額と最低利用料がかかる契約は珍しくありません。
  4. 入金サイクル。 月末締め翌月末払いなら、売上が現金になるまで最大60日。仕入れが先行する商売では資金繰りを直撃します。
  5. カートとの連携。 標準対応か、個別開発が必要か。後者なら開発費が別途かかります。
  6. 不正利用対策。 3Dセキュア2.0への対応状況と、不正検知の仕組みがあるか。

このうちいちばん軽視されやすいのが入金サイクルです。料率が0.1%安くても、入金が30日遅いほうが痛い場面は普通にあります。月商300万円なら、300万円分の運転資金を自前で用意することになります。

この章のポイント: 料率より入金サイクルを先に見てください。資金繰りへの影響は、料率差の何倍も大きくなります。

10データで見る|決済手段を1つ増やしたときの費用と損益分岐

要点: 決済を1つ足すと、月商300万円の店で月1万円から2万円ほどのコストが増えます。粗利40%なら、月に2万5,000円から4万5,000円の売上増でちょうど元が取れる計算です。この水準を超えるかどうかが、追加の判断基準になります。

「入れるべきか」を感覚で決めると、たいてい入れすぎます。下の表は、月商300万円・客単価8,000円の店で、新しい決済手段が売上の10%を占めた場合の試算です。

決済手段を1つ追加したときの月額コストと損益分岐
コンビニ決済・後払い決済・コード決済を追加した場合の月額コストと、回収に必要な追加売上を試算した表
決済手段 想定条件 月額コスト 必要な追加売上
コンビニ決済
料率分 30万円×2.5% 7,500円
件数分+月額 150円×37.5件+3,000円 8,625円
合計 16,125円 約40,000円
後払い決済(保証型)
料率分 30万円×3.5% 10,500円
件数分 200円×37.5件 7,500円
合計 18,000円 約45,000円
コード決済
料率分 30万円×3.25% 9,750円
件数分 なしが一般的 0円
合計 9,750円 約25,000円

出典:ZenWeb Japanによる試算(2026年)。月商300万円・客単価8,000円・新決済が売上の10%・粗利率40%を前提としたモデルケース。料率は公開されている一般的な水準を使用。

表からはっきり見えるのは、コード決済の追加がいちばん軽いということです。件数手数料がかからないぶん、単価が低い店ほど有利になります。3つ目に迷ったら、まずここから試してください。

この章のポイント: 3つ目の決済はコード決済が最も軽い選択です。件数手数料の有無で、負担は倍近く変わります。

11カート別|選べる決済手段の広さが違います

要点: 決済手段の自由度は、使うカートシステムでほぼ決まります。ASP型は決められた中から選ぶ形、オープンソース型やフルスクラッチは自由度が高い代わりに開発とメンテナンスが必要です。決済から逆算してカートを選ぶ場面もあります。

ここは順番を間違えやすいところです。カートを先に決めると、「使いたい決済に対応していない」という事態が起こります。選び方はShopifyとEC-CUBEの比較記事で扱っています。

  • ASP型(Shopifyなどのクラウドカート)。 標準連携の範囲で選びます。導入は速い一方、独自の決済を足すのは苦手です。
  • オープンソース型(EC-CUBEなど)。 決済モジュールを追加でき、幅が広がります。改修とアップデートの手間は自社に残ります。
  • フルスクラッチ・独自開発。 どの決済でも組み込めます。基幹システムとの連携が必要なら、この選択になります。
  • モール出店。 決済はモール側が用意します。選ぶ余地はほぼありません。

請求書払いや掛売り、複雑な定期購入を扱うなら、開発を伴う選択になります。この領域はWebシステム開発として扱います。モールとの比較は自社ECとモール出店の違いの記事もどうぞ。

この章のポイント: 使いたい決済が決まっているなら、カート選定より先に決済要件を固めてください。順番を逆にすると作り直しになります。

12導入の流れと、審査でつまずきやすいところ

要点: 決済の導入は、申込みから利用開始までおおむね2週間から1か月半です。時間がかかるのは審査で、サイトの表記不備による差し戻しが最も多い原因になります。特定商取引法に基づく表記は、申込み前に整えておいてください。

決済を導入するまでの5つのステップ

手を動かす順番は次のとおりです。準備さえ整えば、難しい作業はありません。

  1. 必要な決済手段を決める。 この記事の3章から10章の内容で絞り込みます。半日で終わります。
  2. サイトの必須表記を整える。 特定商取引法に基づく表記、プライバシーポリシー、返品条件。ここが最大の関門です。
  3. 決済代行に申し込む。 登記事項証明書、代表者の本人確認書類、取扱商材の説明資料を用意します。
  4. 審査を受ける。 通常2週間から1か月。商材によってはカード会社ごとの個別審査が入ります。
  5. テスト決済を行う。 本番環境で少額の決済と返金を一往復させます。ここを省くと、公開後に必ず問題が出ます。

差し戻しの原因で多いのが特定商取引法に基づく表記の不足です。事業者名、住所、電話番号、返品条件、送料、支払時期。1つ欠けただけで止まります。準備の進め方は依頼前に準備すべきことの記事もどうぞ。

もう1つ見落とされやすいのが返金テストです。決済が通ることは確認しても、返金が正しく戻るかを試さないまま公開すると、最初の返品対応で慌てます。

この章のポイント: 審査で止まる原因のほとんどはサイト表記です。申込み前に特商法表記を完成させておけば、期間は大きく縮みます。

13まとめ|ECサイト 決済方法の決め方

要点: クレジットカードを軸に置き、コード決済を2番手に据える。3つ目は客層で選ぶ。この順番なら大きく外しません。比較のときは料率だけでなく、件数手数料と入金サイクルまで並べてください。

ここまでを、判断の順番に並べ直します。

  • まずクレジットカード。 決済額の8割強を占める柱です。ここは議論の余地がありません。
  • 次にコード決済。 件数手数料がかからず、追加コストが最も軽い2番手です。
  • 3つ目は客層で決める。 若年層と高齢層が多いならコンビニ決済、新規客中心で単価が高いなら後払い決済です。
  • 比較は6項目で。 料率、件数手数料、月額、入金サイクル、カート連携、不正対策。この順で見ます。
  • 2〜3年で見直す。 市場は5年で約1.6倍に伸びる見通しです。一度決めて終わりにはなりません。

費用の全体像はホームページ制作の費用相場の記事もご覧ください。ZenWeb Japanは見積り制のため、決済要件を含めた条件をうかがったうえでお出ししています。

ECサイトの決済まわり、一度整理してみませんか。

2000年創業のZenWeb Japanが、いまの構成と商材をうかがったうえで、必要な決済手段とカートの組み合わせを整理してご提案します。新規構築でも、既存サイトへの追加でも承ります。

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14よくある質問

1. ECサイトの決済方法は最低でもいくつ必要ですか

最低2つ、できれば3つです。クレジットカードとコード決済で決済額の9割をカバーできますが、カードを持たない層を拾うために、コンビニ決済か後払い決済を足しておくと安心です。5つ以上は、注文データで必要性が見えてからで十分です。

2. クレジットカード 手数料はあとから下げられますか

下げられます。取扱高が積み上がると、決済代行との個別交渉で料率を見直せる場合があります。目安は月商300万円。それ以前は、料率交渉より売上を伸ばすほうが効果は大きいです。

3. コンビニ決済 導入にかかる期間はどのくらいですか

申込みから利用開始まで、おおむね2週間から1か月です。審査でつまずくのは、ほとんどがサイトの表記不備です。特定商取引法に基づく表記と返品条件を先に整えておけば、大幅に短縮できます。

4. 後払い 決済は未回収が心配です。どう防げますか

保証型の後払い決済を選べば、未回収分は決済会社が負担します。料率は非保証型より1%前後高くなりますが、督促の手間と貸倒れリスクを丸ごと外に出せます。初めて導入するなら保証型をおすすめします。

5. 決済代行 比較で、いちばん見落とされやすい項目は何ですか

入金サイクルです。月末締め翌月末払いだと、売上が現金になるまで最大60日かかります。月商300万円なら、それだけの運転資金を自前で用意することになります。料率0.1%の差より影響が大きい場面は珍しくありません。

まずは、いまお困りのことを聞かせてください

ご相談は無料です。要件が固まっていない段階でも構いません。内容をうかがったうえで、進め方とお見積りをご提案します。